Al estar tan al borde de una guerra nuclear que hubiera costado la vida de miles de personas, el manejo de la crisis por parte de los líderes de las dos potencias (Estados Unidos y la Unión Soviética) tenía que ser tan prolijo como sea posible. El despliegue militar soviético, de acuerdo a la información contenida en los documentos recientemente desclasificados, había sido más alto de lo que originalmente había pensado la administración Kennedy, en este marco, la importancia de los canales alternativos es clave para entender el resultado final de la crisis. Estados Unidos desplegó la conocida estrategia del "garrote y la zanahoria". Más allá de las acciones militares y las declaraciones de comunicación tradicional entre Washington y Moscú, canales alternativos fueron establecidos por Khrushchev y Kennedy para negociar y evitar el estallido del conflicto. La necesidad de estos era evidente a medida que los medios diplomáticos tradicionales de comunicación estaban demasiado desgastados dada la gravedad de la crisis. 

Desde el estallido de la crisis, cuando los aviones de patrullaje americanos avistaron misiles soviéticos que tenían a las principales ciudades americanas en su rango de alcance instalados en Cuba, el presidente Kennedy limitó enormemente el círculo de funcionarios del gobierno con conocimiento de la evolución de la crisis de los misiles cubanos. Esto limitó el papel que el Departamento de Estado podría desempeñar en el desarrollo de la crisis a pesar de ser claramente un asunto de política exterior, esto incluso incluye limitar el papel de los diplomáticos con acceso cercano al Kremlin en la Embajada en Moscú, lo que habría sido el medio tradicional para negociar durante la crisis. Kennedy no pasó del todo por alto las opiniones del Departamento de Estado, y eligió a los ex embajadores en la Unión Soviética Charles Bohlen y Llewellyn Thompson como asesores diplomáticos, pero no como tomadores de decisiones clave. Sorprendentemente el entonces embajador en la Unión Soviética, Foy D. Kohler, y su personal de la embajada eran ignorantes de la crisis que se desarrollaba casi durante la mitad de los infames "trece días." Durante la mayor parte de la crisis, Kohler y la embajada de Estados Unidos en Moscú tenían dos funciones principales: "el intercambio de mensajes entre el Kremlin y la Casa blanca y, y servir en la primera línea de un concurso internacional que se había generado en la opinión pública entre las superpotencias."(1)

Sin embargo, dentro del grupo cercano de asesores de Kennedy estaba su hermano Robert, al que se le asignó la misión específica de establecer comunicación por medio de canales alternativos más directos. El impacto del uso de canales alternativos fue tanto que Khruschev recordando un informe de Anatoly Dobryn, embajador en Washington en ese momento, durante una reunión no oficial con Robert Kennedy describió así la situación: "Robert Kennedy parecía agotado, uno podía ver en sus ojos que no había dormido durante días. Él mismo dijo que no había estado en casa durante seis días y noches. "El presidente está en una situación grave", dijo Robert Kennedy, "y no sabe cómo salir de ella. Estamos bajo un severo estrés, de hecho, estamos bajo la presión de nuestras fuerzas armadas para usar la fuerza contra Cuba. es probable que en este momento el Presidente está sentado escribiendo un mensaje al Presidente Kruschev. Queremos pedirle, Sr. Dobrynin, pase el mensaje del Presidente Kennedy al Presidente Kruschev a través de canales alternativos. El Presidente Kennedy implora al Presidente Kruschev acepte su oferta y tenga en cuenta las peculiaridades del sistema americano, a pesar de que el propio presidente está muy en contra de iniciar una guerra por Cuba, una cadena irreversible de eventos podrían ocurrir en contra de su voluntad. Es por ello que el Presidente está apelando directamente al Presidente Kruschev por su ayuda en la liquidación de este conflicto. Si la situación se prolonga mucho más tiempo, el Presidente no está seguro de que los militares no le matarán y tomarán el poder. El ejército estadounidense podría salirse de control."(2) Esta comunicación franca y directa a través de los canales alternativos tenían un gran efecto sobre los líderes soviéticos, la construcción de la confianza y ayudó a asegurar que se evitara el espectro de la guerra nuclear. 

La importancia del uso de los canales alternativos puede ser certificada por el posterior establecimiento de una línea directa de comunicación entre la Casa Blanca y el Kremlin. En 1963 se firmó un acuerdo entre los EE.UU. y la Unión Soviética, que obligaba a los segundos a retirar los misiles instalados en Cuba y a los primeros a retirar los que tenían en Turquía y parte de Europa, que tenían también a la Unión Soviética en su rango de alcance, todo esto en estricto secreto, y se estableció la línea directa que llevó a los líderes de las grandes potencias a tener un contacto casi directo, evitando la importancia de canales diplomáticos tradicionales más lentos por esa época, esto incluso fue inmortalizado en la cultura popular con la figura de el teléfono rojo, un reconocimiento de la importancia de la comunicación directa a la solución pacífica de la crisis. 

(1) Jason Mullins, “Embassy Moscow: a Diplomatic Perspective of the Cuban Missile Crisis”. 10 December 2013. Georgetown Security Studies Review, accessed at: http://georgetownsecuritystudiesreview.org/2013/12/10/embassy-moscow-a-diplomatic-perspective-of-the-cuban-missile-crisis/

(2) Khrushchev Remembers, intro., commentary, and notes by Edward Crankshaw, trans. and ed. by Strobe Talbott (Boston: Little, Brown, 1970; citation from paperback edition, New York: Bantam, 1971), pp. 551-52]